Поскольку вегетативная нервная система оказывает распространенное явление на все системы организма, нарушение ее деятельности сказывается на всем организме и может оказать серьезное влияние на заболевание других систем. С другой стороны, вегетативная нервная система может в определенной степени компенсировать дисфункцию других систем, помогая сохранить функциональную интеграцию организма в целом. С годами эта компенсаторная способность снижается. Так, например, у больных ангидрозом при кожном заболевании при обычном течении болезни терморегуляция в целом не нарушена. Но если система подверглась дополнительному стрессу, связанному с избыточной температурой окружающей среды, компенсаторные возможности (вазодилатация) могут оказаться недостаточными для поддержания нормальной температуры тела. По аналогии с этим под влиянием возраста и снижения мозгового кровотока на фоне атеросклероза небольшое падение давления при перемене позы (ортостатическая гипотёнзия) может вызвать преходящие неврологические нарушения.
В прошлом врачебное мышление полностью отрицало зависимость вегетативной активности от волевого акта. Не так давно, однако, стало ясно, что изменение вегетативной активности под влиянием волевого усилия возможно при соответствующем навыке, приобретенном в результате тренировок по широко распространенному методу обратной связи. С помощью этого метода можно изменять регуляцию температуры тела, частоты сердечных сокращений, артериального давления, но его роль в модификации вегетативной активности и в лечении болезней пока не определена.